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强化金融机构审计将是审计署2009年的审计工作重点之一。审计署将重点检查金融机构执行中央促进经济发展政策措施的情况，关注金融质量、经营绩效和监管状况，推动金融机构深化改革，严肃揭露和查处金融领域重大违法违规问题。
2月19日，审计署审计长刘家义在国务院新闻办公室举行的新闻发布会上指出，以往审计工作中出现的“屡查屡犯”现象，“说明此类问题不是个案，带有一定的共性，是制度性问题，不可能通过一次审计揭露彻底改掉，需要改革体制，这是一个不断推进的过程。”
据他介绍，2008年，审计署在审计金融机构过程中，揭露和查处重大违法违规和经济犯罪线索20件，涉案金额60亿元左右。这些案件经相关部门立案查处后，绝大部分的涉案资金被收回，相关涉案人员有的已被绳之以法，有的案件正在进一步侦破之中。
过去一年中，全国审计机关揭露的3.4万多名领导干部和387名其他人员的问题被移送司法纪检监察机关。审计署还开展了对4名省部长和12户中组部直接管理企业原主要领导人员的经济责任审计。
刘家义透露，在前述20件案件中，工商银行、中国银行和建设银行这三家国有大型商业银行的案件占一半。
2008年，审计署曾对工商银行、中国银行和建设银行这三家国有商业银行进行审计调查。刘家义表示，从审计结果来看，问题集中体现在几个方面：这三大银行的一些分支机构，尤其是基层行，风险控制还比较薄弱；一些分支机构的信贷人员因为和贷款单位的关系，对贷款的审核不够严格；此外，这些机构还存在一些重大的违法违规问题。
刘家义在上述场合同时表示，为应对金融危机，确保中央4万亿元投资以及其他各项政策措施的贯彻实施，审计署对4万亿元投资进行了重点审计监督，目前尚未发现重大的违法违规或者重大损失浪费问题。2009年，审计署将加大对这4万亿元投资中的重特大投资项目、重特大资源环境保护项目、重特大民生工程项目、重特大突发性公共事件等的全程跟踪审计。
2009年审计署还将按照法律规定和国际惯例，对香港中资机构的国有资产管理的基本情况进行全面摸底调查，但由于人力所限，尚不属于全面审计的范畴。
目前，中国大陆共有省级审计机关（包括新疆生产建设兵团审计局）32个、市地（级）450个、县（市、区）级2689个。全国审计机关工作人员共8万多人。此外，香港、澳门特别行政区政府分别根据其基本法，设立了审计署，台湾省也设有审计机构。■
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